RMarkdown: crea tu propio código y publica tus resultados

1. ¿Para qué sirve RMarkdown y cómo se instala?

Con RMarkdown podemos crear documentos plenamente reproductibles,  intercalar texto, código y los resultados de este de forma sencilla y elegante.

También permite trabajar con SQL y Python y podemos exportar nuestros documentos a diferentes formatos como html, pdf, word, presentaciones, libros, sitios web.

Para instalar RMarkdown hay que escribir en la consola.

install.packages("rmarkdown")

Tras esto, ya tendremos capacidad para exportar documento distintos a muchos formatos, aunque para exportar a PDF debemos instalar una distribución de LaTeX.

En función a nuestro sistema operativo debemos instalar:

• Windows: MiKTeX. Enlace: https://miktex.org/
• Linux:  TeXLive. Enlace: https://www.tug.org/texlive/
• Mac:  MacTeX. Enlace: http://www.tug.org/mactex/

2. ¿Cómo creo un documento con RMarkdown?

Para crear un nuevo documento con RMarkdown tenemos que hacer clic dentro de RStudio en: File > New File > R Markdown, tal y como podemos observar en la siguiente imagen:

A continuación, escribimos el título, nombre del autor y formato de salida.

Por ejemplo, en este caso será un formato html.

Obtendremos una plantilla de archivo R Markdown con la siguiente cabecera.

---
title: "Untitled"
author: "Máxima Formación"
date: "23/1/2018"
output: html_document
---

Aquí podemos cambiar el título o configurar nuestro archivo por ejemplo añadir un índice (toc y toc_depht) o cambiar el idioma (lang).

---
title: "Nuevo análisis hecho con R"
author: "Máxima Formación"
date: "23/1/2018"
output:
 html_document:
  toc: yes
  toc_depth: 2
lang: es-ES
---

3. ¿Cómo trabajamos con RMarkdown?

Dar formato al texto e insertar código

El texto simplemente se inserta escribiéndolo en nuestro documento rmd y para darle formato usaremos el siguiente código.

• Los títulos se insertan mediante # 1. Título de primer nivel. Según las subdivisiones que queramos hacer vamos introduciendo uno más ## 1.1 Título de segundo nivel, ### 1.1.1. Título de tercer nivel y así sucesivamente.
• Podemos dar formato cursiva mediante *texto que queremos en cursiva*.
• En negrita mediante **texto en negrita**.
• En cursiva y negrita mediante ***texto en cursiva y negrita***.
• Un enlace mediante [nombre enlace](https://enlaceaweb.com).
• Una foto mediante .
• Ecuaciones LaTeX mediante $nuestraecuación$. Por ejemplo: $E = mc^{2}$ daría como salida .

Insertar y mostrar nuestros resultados

Una de las funciones más interesantes de Rmarkdown es su capacidad para insertar código y resultados de su ejecución en nuestros documentos, de esta forma podemos olvidarnos del tedioso copiar y pegar entre la consola de R y un editor de texto.

Para insertar nuestro código en un documento y sus resultados debemos escribir nuestro código entre «`{r} y «` , de la siguiente manera:

```{r}
código a ejecutar
```

Si queremos mostrar los resultados de la ejecución del código pero no el propio código escribiríamos:

```{r echo=FALSE}
código a ejecutar
```

Si queremos mostrar el código pero que no se ejecute, ni muestren los resultados:

```{r eval=FALSE}
código a ejecutar
```

Si queremos que en los resultados no se muestren advertencias:

```{r warning=FALSE}
código a ejecutar
```

Si queremos que en los resultados no se muestren mensajes:

```{r message=FALSE}
código a ejecutar
```

RMarkdown por defecto no renderiza nuestro documento si hay un error en nuestro código, así evita que podamos compartir el documento por despiste o error.

En ocasiones y por motivos didácticos (ej. si queremos mostrar errores comunes en R) tendremos que incluir código que dará como resultado un error, para poder renderizar nuestro código con su error debemos escribir:

```{r error=TRUE}
código erróneo a ejecutar
```

Estos códigos los podemos ejecutar conjuntamente en caso de que sea necesario. Por ejemplo, si queremos ejecutar un código pero que este no se muestre y a la vez mostrar los resultados sin mensajes de información incluidos por el paquete:

```{r echo=FALSE, message=FALSE}
código a ejecutar
```

Una vez creado nuestro documento, nos queda exportarlo. Si pulsamos sobre el icono del botón Knit en la parte superior del editor de código de Rstudio, se renderizará nuestro documento.

Al pulsar en la flecha que acompaña es este icono podemos ver diferentes formatos a los que exportar como podemos observar en la siguiente imagen.