RMarkdown: crea tu propio código y publica tus resultados

¿Qué es RMarkdown y para qué sirve?

RMarkdown es una potente herramienta que permite combinar código, texto y resultados en un mismo documento de forma clara, ordenada y profesional. Es especialmente útil en el análisis de datos, la generación de informes, documentación técnica y publicaciones científicas.

Con RMarkdown puedes:

Crear documentos plenamente reproducibles.
Intercalar texto explicativo con código (R, Python, SQL) y los resultados de su ejecución.
Exportar a diversos formatos: HTML, PDF, Word, presentaciones, libros o sitios web.

Es una solución ideal para quienes buscan automatizar informes o compartir análisis completos y transparentes.

¿Cómo instalar RMarkdown?

Para instalar RMarkdown hay que escribir en la consola.

install.packages("rmarkdown")

Tras esto, ya tendremos capacidad para exportar documento distintos a muchos formatos, aunque para exportar a PDF debemos instalar una distribución de LaTeX.

En función a nuestro sistema operativo debemos instalar:

Windows: MiKTeX. Enlace: https://miktex.org/
Linux: TeXLive. Enlace: https://www.tug.org/texlive/
Mac: MacTeX. Enlace: https://www.tug.org/mactex/

Crear tu primer documento con RMarkdown

1. Inicia un archivo RMarkdown

Para crear un nuevo documento con RMarkdown tenemos que hacer clic dentro de RStudio en: File > New File > R Markdown, tal y como podemos observar en la siguiente imagen:

2. Estructura inicial del documento

A continuación, escribimos el título, nombre del autor y formato de salida.

Por ejemplo, en este caso será un formato html.

Obtendremos una plantilla de archivo R Markdown con la siguiente cabecera.

---
title: "Untitled"
author: "Máxima Formación"
date: "23/1/2018"
output: html_document
---

Aquí podemos cambiar el título o configurar nuestro archivo por ejemplo añadir un índice (toc y toc_depht) o cambiar el idioma (lang).

---
title: "Nuevo análisis hecho con R"
author: "Máxima Formación"
date: "23/1/2018"
output:
 html_document:
  toc: yes
  toc_depth: 2
lang: es-ES
---

Cómo trabajar con RMarkdown

Formato del texto

El texto simplemente se inserta escribiéndolo en nuestro documento rmd y para darle formato usaremos el siguiente código.

Títulos:
# Título principal
## Subtítulo
### Sub-subtítulo
Cursiva: *texto en cursiva*
Negrita: **texto en negrita**
Cursiva + negrita: ***texto combinado***
Enlace: [texto del enlace](https://url.com)
Imagen: ![Texto alternativo](ruta/imagen.png)
Ecuación LaTeX: $E = mc^{2}$

Insertar y mostrar nuestros resultados

Una de las funciones más interesantes de Rmarkdown es su capacidad para insertar código y resultados de su ejecución en nuestros documentos, de esta forma podemos olvidarnos del tedioso copiar y pegar entre la consola de R y un editor de texto.

Para insertar nuestro código en un documento y sus resultados debemos escribir nuestro código entre «`{r} y «` , de la siguiente manera:

```{r}
código a ejecutar
```

Si queremos mostrar los resultados de la ejecución del código pero no el propio código escribiríamos:

```{r echo=FALSE}
código a ejecutar
```

Si queremos mostrar el código pero que no se ejecute, ni muestren los resultados:

```{r eval=FALSE}
código a ejecutar
```

Si queremos que en los resultados no se muestren advertencias:

```{r warning=FALSE}
código a ejecutar
```

Si queremos que en los resultados no se muestren mensajes:

```{r message=FALSE}
código a ejecutar
```

RMarkdown por defecto no renderiza nuestro documento si hay un error en nuestro código, así evita que podamos compartir el documento por despiste o error. En ocasiones y por motivos didácticos (ej. si queremos mostrar errores comunes en R) tendremos que incluir código que dará como resultado un error, para poder renderizar nuestro código con su error debemos escribir:

```{r error=TRUE}
código erróneo a ejecutar
```

Estos códigos los podemos ejecutar conjuntamente en caso de que sea necesario. Por ejemplo, si queremos ejecutar un código pero que este no se muestre y a la vez mostrar los resultados sin mensajes de información incluidos por el paquete:

```{r echo=FALSE, message=FALSE}
código a ejecutar
```

Una vez creado nuestro documento, nos queda exportarlo. Si pulsamos sobre el icono del botón Knit en la parte superior del editor de código de Rstudio, se renderizará nuestro documento.

Al pulsar en la flecha que acompaña es este icono podemos ver diferentes formatos a los que exportar como podemos observar en la siguiente imagen.